Con el cambio de gobierno a nivel nacional a fines de 2015, se realizaron algunas modificaciones en la administración descentralizada de la APN: se creó el Ente Nacional de Comunicaciones (ENACOM) bajo la órbita del nuevo Ministerio de Comunicaciones a partir de la fusión de dos OD previamente existentes bajo la órbita de Presidencia de la Nación (AFSCA C4y AFTIC), y se reubicaron 20 organismos descentralizados bajo la órbita de nuevos ministerios.

En 2016, más del 50% de los 79 OD se concentraba en los Ministerios de Salud (en su mayor parte hospitales), Cultura, Interior y Obras Públicas y Transporte. En términos presupuestarios se observa que en seis ministerios (Comunicaciones, Transporte, Ciencia y Tecnología, Agroindustria, Energía y Minería, Interior y Transporte) el gasto de los OD representó el 70% o más del gasto total neto de la jurisdicción (sin transferencias), mientras que en cinco ministerios representó entre 50% y 20% del gasto (Ambiente, Turismo, Salud, Cultura, Producción).